En el mercado de fichajes de invierno, Souness causó controversia por la oferta de £8 millones de libras por el internacional francés Jean-Alain Boumsong, que se había unido al Rangers de Escocia de forma gratuita unos meses antes que Sir Bobby había viajado a Francia para, presuntamente, contratar a Boumsong pero al final se negó a firmarlo. Entrando en la temporada 2005-06, a pesar de la firma de varios jugadores nuevos, incluyendo el regreso de Nolberto Solano del Aston Villa, así como las contrataciones de Albert Luque, procedente del Deportivo de la Coruña, por £10 millones de libras, y el de Michael Owen (para un récord en el club de £17 millones procedente del Real Madrid) como socio en el ataque de Alan Shearer, dando como resultados muchos goles al final del 2005, pero una lesión causó que Owen se perdiera el resto de la temporada y, después de un mal comienzo en el nuevo año, Souness fue despedido en febrero de 2006. Robbie Elliiot y Shay Given anunciaron su arrepentimiento al haber salido en el DVD del club, pero reconocieron un aparente favoritismo hacia varios jugadores y la presión moral del equipo dañada a las malas campañas del club, mientras que Alan Shearer culpó de la crisis a las lesiones de los jugadores del primer equipo.
