El último título oficial del club fue en 2001, camiseta de qatar 2022 al ganar la Copa Intertoto de la UEFA. Con la nueva presidencia a cargo el Deportivo Toluca logró nuevamente el título en el Apertura 2008 al vencer 7-6 en muerte súbita de la serie de penales al Deportivo Cruz Azul para un global de 9-8 total, consagrándose como el equipo más ganador de México en los torneos cortos y el tercero históricamente ya que rebasó al mismo Cruz Azul con 9 campeonatos ya que ambos buscaban la novena estrella para su escudo en esa Final; se adquirieron grandes jugadores como Héctor Raúl Mancilla, quien logró el bicampeonato goleo en el Apertura 2008 y Clausura 2009. El 20 de agosto de 2009 el Toluca debutó como México 1° en la Liga de Campeones de la Concacaf, camiseta mexico 2022 la cual fue instaurada en 2008 como una nueva edición de la Copa de Campeones de la Concacaf.
